Председатель Союза избирается общим собранием членов Союза, как правило, из числа руководителей агропромышленных организаций - членов Союза.
Председатель вправе добровольно прекратить свои полномочия, предупредив об этом заблаговременно Совет руководителей. Совет в таком случае возлагает исполнение обязанностей председателя на исполнительного директора или члена Совета до созыва очередного общего Собрания членов Союза.
Председатель:
- осуществляет руководство Советом руководителей, председательствует на его заседаниях, подписывает принимаемые им решения и протоколы заседаний;
- представляет Союз в государственных органах, на переговорах с представителями отечественных и зарубежных организаций, в том числе, на коллективных переговорах по заключению, изменению или дополнению соглашений, регулирующих социально-трудовые и связанные с ними экономические отношения, подписывает эти соглашения;
- представляет Совету руководителей кандидатуру для назначения исполнительным директором;
- заключает контракт с исполнительным директором;
- осуществляет иные полномочия в соответствии с целями и задачами Союза.
С мая 2025 года до созыва очередного общего Собрания членов Союза исполнение обязанностей председателя Союза возложено на исполнительного директора в связи с добровольным прекращением полномочий Страпко М.Н.